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CompuCell3D 3.7.6 Revision 20170723

CompuCell3D - Un software eficiente y sencillo diseñado a medida para ayudarle a visualizar y diseñar modelos moleculares 3D avanzados

Un software eficiente y sencillo diseñado a medida para ayudarle a visualizar y diseñar modelos moleculares 3D avanzados

El modelado molecular es una incursión científica fascinante en las profundidades del organismo humano, que puede dar respuestas importantes a algunas de nuestras preguntas más fundamentales. Afortunadamente, los científicos se han beneficiado enormemente del aumento constante del poder computacional, ya que cada vez más aplicaciones se dedican a ayudarles a desentrañar los misterios biológicos. CompuCell3D es sólo uno de esos programas que pueden ser empleados por profesionales altamente capacitados para simular con precisión y modelar el comportamiento de las células.

La utilidad científica emplea modelos celulares de Potts, específicamente algoritmos Glazier-Graner-Hogeweg (GGH) para modelar y describir el comportamiento de tejidos, órganos u organismos de una o varias células. Este enfoque basado en la red garantiza que los modelos son exactamente solubles y generan simulaciones y que las representaciones celulares se adecuan adecuadamente a los mecanismos reales.

Crear una simulación requiere que los usuarios definan las células reales, así como diseñar sus interacciones. Esto se realiza estableciendo nuevas propiedades en las entradas en el "Editor de modelos". Al igual que con cualquier entorno de programación, los científicos pueden ajustar cualquier propiedad de los elementos de simulación, incluyendo dimensiones físicas, volúmenes y tipos de células.

Para que cualquier investigación viable ocurra, también hay que definir la amplitud de las fluctuaciones y el grado de variación. También se debe definir la configuración inicial de las celdas y los usuarios pueden importar estos últimos elementos desde cualquier archivo de datos simple. Una vez completados todos estos pasos, la simulación se realiza simplemente haciendo clic en el botón "Ejecutar".

Sin embargo, los usuarios más expertos en tecnología encontrarán el soporte de la aplicación para scripts Python y extensiones C ++ altamente valioso, ya que permite construir modelos biológicos más sofisticados y precisos. Durante la simulación, se pueden tomar capturas de pantalla y también se pueden generar archivos PIF a partir de las salidas VTK.

A pesar de todo, CompuCell3D es una poderosa solución para cualquier persona activa en el campo del modelado biológico, a nivel celular. El algoritmo de GGH se utiliza para modelar tejidos de una o múltiples células o organismos con precisión y los usuarios avanzados también pueden insertar secuencias de comandos Python para generar análisis mejorados.

CompuCell3D Details

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